Omicron: Bagaimana cara mendeteksinya?

Getty Images

Kasus pertama varian virus corona baru Omicron mulai dideteksi di berbagai belahan dunia, setelah dilaporkan oleh para ilmuwan di Afrika Selatan sebagai galur baru yang berpotensi membahayakan.

Varian tersebut telah menyebar ke lebih dari selusin negara, banyak di antaranya telah memberlakukan larangan perjalanan.

Tes apa yang digunakan untuk mendeteksi Omicron?

Tes PCR, yang menggunakan sampel swab dari hidung dan tenggorokan, mendeteksi apakah seseorang terinfeksi virus corona.

Sampel swab dikirim ke laboratorium untuk dianalisis. Beberapa laboratorium juga dapat membantu mengidentifikasi varian tertentu, misalnya Delta atau Omicron.

Baca juga:

• Omicron: Gejala-gejala terkena varian baru virus corona menurut dokter yang mendeteksi
• Hal-hal yang perlu diketahui tentang varian Omicron
• Varian Covid: Omicron menyebar, apakah kita perlu vaksin baru?

Teknik yang saat ini digunakan untuk deteksi dini Omicron disebut 'S-Gene Target Failure' (SGTF).

Omicron diketahui mengalami mutasi pada protein spike (S), sehingga bila dideteksi dengan PCR, ia tidak terdeteksi (failure) sementara gen lainnya positif.

Di Indonesia, Menteri Kesehatan Budi Gunadi Sadikin mengatakan Kemenkes telah mengaktifkan 12 laboratorium tes PCR di setiap perbatasan negara untuk mengecek sampel virus dari pelaku perjalanan yang terkonfirmasi positif Covid-19 dengan metode SGTF. Metode yang sama juga diterapkan di 1.800 laboratorium Kemenkes.

"Saya kemarin sudah video conference dengan semua (petugas) laboratorium termasuk, laboratorium kesehatan daerah, strategi testingnya kita perbaiki, kita perkaya dengan namanya metode SGTF ini," katanya pada Rabu (01/12) seperti dikutip kantor berita Antara.

Menteri Kesehatan Indonesia Budi Gunadi Sadikin mengatakan ia telah mengarahkan agar pengurutan genom atau whole genome sequencing difokuskan pada SGTF supaya Indonesia dapat lebih cepat mendeteksi Omicron.

"WGS itu nanti jadi panjang, ada 30.000 basa dari gen virus yang kita harus urutkan. Kita ambil yang mahkota virusnya saja, itu bisa turun dari 30.000 ke 3000 atau 5000 sekuens dari basanya sehingga bisa lebih cepat," ujarnya.

Bagaimana kita tahu bahwa Omicron telah menyebar ke berbagai belahan dunia?

Hasil swab PCR yang memberikan hasil positif untuk Omicron dikirim ke laboratorium untuk analisis genetik secara penuh, menggunakan teknik yang disebut pengurutan genomik (whole genome sequencing).

Proses ini mengonfirmasi bahwa beberapa orang telah terinfeksi dengan varian baru tersebut.

Analisis laboratorium terhadap materi genetik virus adalah kunci untuk mendeteksi varian dan mengetahui sifat-sifatnya.

Banyak kasus infeksi Omicron tidak terdeteksi karena proses ini bisa memakan waktu berminggu-minggu.

Sudah ada 77 kasus yang telah dikonfirmasi sebagai varian Omicron di Provinsi Gauteng, Afrika Selatan, yang dapat mencakup hingga 90% dari seluruh kasus baru di sana.

Baca juga:

• Apakah varian Omicron memang sangat berbahaya?
• Varian Omicron muncul, Dubes RI di Afsel sebut 'antrean vaksinasi panjang'
• Covid di Indonesia dapat mencapai 400.000 kasus, varian baru perlu diwaspadai

Varian tersebut tampaknya paling banyak menyebar ke Eropa. Portugal dan Belanda masing-masing melaporkan 13 kasus terkonfirmasi, dan Inggris melaporkan 14.

Namun, angka-angka ini mungkin tidak benar-benar menunjukkan negara mana saja yang mengalami paling banyak infeksi varian Omicron, tapi negara yang paling cepat menemukannya.

Apa saja gejala Omicron?

Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) mengatakan belum ada cukup informasi untuk mengatakan bahwa gejala Omicron berbeda dari varian-varian lainnya - jadi batuk-batuk, demam, dan hilangnya perasa atau penciuman masih merupakan gejala yang perlu diperhatikan.

Orang-orang di Afrika Selatan yang sudah divaksinasi penuh terinfeksi dengan Omicron namun menunjukkan gejala ringan.

Rumah sakit di Afsel kedatangan semakin banyak anak muda dengan gejala yang lebih serius - namun banyak dari mereka yang belum divaksinasi atau baru mendapatkan satu dosis.

Ini tampaknya berarti bahwa dua dosis vaksin dan satu dosis booster adalah cara yang bagus untuk melindungi diri dari penyakit yang disebabkan varian baru ini, juga varian-varian yang lain.

Apa bedanya Omicron dengan varian-varian lain?

Varian Omicron punya banyak mutasi, sebagiannya tidak pernah kita lihat sebelumnya.

Banyak mutasi tersebut ada pada protein spike, yang menjadi target kebanyakan vaksin, dan itulah yang dikhawatirkan.

Dalam tes standar, Omicron punya mutasi yang disebut "S-gene dropout" atau ketiadaan gen S, karena itu cukup mudah mendeteksi kasus positif yang mungkin merupakan varian tersebut.

Tapi tidak semua virus yang tidak memiliki gen S adalah Omicron - perlu pengurutan genom utuh (whole genome sequencing) untuk memastikannya.

Direktur Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Menular Kemenkes Siti Nadia Tarmizi mengatakan saat ini di Indonesia terdapat 17 laboratorium yang berjejaring dengan Kementerian Kesehatan untuk pemeriksaan whole genome sequencing.

Menurut Nadia, 10-20% sampel dari rumah sakit dan semua sampel dari pelaku perjalanan diperiksa dengan teknik ini.

Mengapa perlu pengurutan genom utuh?

Analisis susunan genetik virus adalah tahapan penting dalam mencari tahu jenis variannya.

Dengan mengamati materi genetik sampel, para ilmuwan dapat mengonfirmasi apakah seseorang positif dengan Omicron atau Delta yang sudah menyebar luas.

Proses ini hanya membuahkan informasi tentang sampel swab yang dianalisis - namun dengan menggunakan hasil itu, para ilmuwan dapat memperkirakan proporsi kasus baru yang merupakan varian baru itu,

Para saintis di Inggris dan Afsel adalah yang terdepan dalam teknologi ini, karena itu kebanyakan varian baru telah terdeteksi di negara-negara tersebut. Namun ini tidak berarti varian-varian baru itu berasal dari sana.

Apa yang sudah kita ketahui tentang Omicron?

Saat ini sangat sedikit yang sudah diketahui tentang sifat-sifat Omicron atau seberapa besar ancaman yang bisa ditimbulkannya.

Misalnya, belum jelas apakah ia lebih mudah menyebar, apakah ia menyebabkan penyakit yang lebih parah dibandingkan varian-varian lain, atau apakah ia dapat membuat perlindungan dari vaksin menjadi kurang efektif.

Namun di atas kertas, Omicron tampak mengkhawatirkan dan karena itulah banyak pemerintah segera bertindak, kalau-kalau kekhawatiran itu benar.